�势使得欧盟发表共同外交和安全政策声明，并迫使北约介入科索沃与塞尔维亚之间的冲突。相较于波斯尼亚冲突，这次欧盟更为积极，之前的失败使得欧盟希望在外交事务上更有效力。欧盟早期的外交经验显1999年5月1日生效的《阿姆斯特丹条约》，以及1997年西欧联盟领导人所发表，关于欧盟及北约两组织所扮演的角色的宣言。之后，《尼斯条约》加强了高级代表（highrepresentative）与外交政策的合作。

  1999年3月，爆发预算危机。议会拒绝批准执委会所提出的预算案，理由是执委会财政管理不当、欺骗及裙带关系。议会成立调查委员会，调查结果在1999年3月15日发表，内容大力抨击执委会。原来唯一表态支持的主流政党欧洲社会党决定不再支持，并与议会准备罢免执委会。在报告出炉的当天傍晚，欧盟执委会宣布总辞。该危机严重损害了欧盟执委会面对全球危机的立场，而欧洲理事会也逐渐不信任执委会。欧洲怀疑主义在后德洛尔时代更加根深蒂固，理事会与议会也在之后几年不断质疑执委会的立场。很快地，继任的执委会成立反欺诈部门olaf。

  1999年议会选举。欧洲人民党挤下社会党成为第一大党，罗马诺.普罗迪所率领的新任执委会成立反欺诈部门olaf。在《阿姆斯特丹条约》赋予的新权力下，部分人士称普罗迪为“欧洲第一任首相”。6月4日，哈维尔.索拉纳被任命为欧盟理事会秘书长兼共同外交与安全政策高级代表，它也被部分人视为欧洲第一任外交部长。《尼斯条约》在2001年2月26日签订，隔年2月1日正式生效，开始起草欧盟宪法。《尼斯条约》在2004年扩张之前完成了最后的准备阶段。

  2004年6月10日至13日，25个会员国参与史上最大的跨国选举（世界第二大的民主选举）。这次议会选举是欧洲人民党-欧洲民主派的第二次胜利。同时这场选举也出现了最低的投票率（45.5%），是第二次低于50%。

  2004年7月22日，若泽.曼努埃尔.巴罗佐被新议会任命为下届执委会主席。不过他所率领的25名新任委员立刻面对艰难的困境。议会反对他所提出的部分委员名单。使得巴罗佐必须撤回名单重新提案。因此普罗迪团队必须延长任期至11月22日，新任委员名单正式批准为止。

  2007年1月1日，欧盟第五次扩张，罗马尼亚与保加利亚正式加入。因此，议会将新增53位议员，执委会增加两个职位。罗马尼亚委员的职位名称为欧洲执委会多语委员（ilingualism），遭到部分人士批评太过狭隘。

  同天，斯洛文尼亚开始使用欧元，但立陶宛等其他国家因通货膨胀而拒绝。马耳他和塞浦路斯在2008年1月1日开始使用欧元。斯洛伐克在2009年1月1日成为欧元区第16个会员国。2013年7月1日。克罗地亚正式成为欧盟第28个成员国。

  1986年5月29日正式悬挂，会旗为天蓝色底，上面有12颗金黄色的星，是圣母玛利亚的象征。制作会旗的目的是表示要建立一个统一的欧洲。增强人们对欧洲联盟和欧洲统一性的印象。欧盟的会徽：1988年1月开始使用，会徽的底呈蓝色，上面12颗星围成一个圆圈，代表欧盟的12个国家。

  欧盟旗帜的设计早在欧盟尚未存在时就已经有了。1955年，最初是欧洲煤钢共同体设计的，当时该组织只有6个成员国。蓝底上由12枚金星组成的圆环。灵感来自文艺复兴宗教画上的圣母脑后的“十二星冠”。“十二星冠”的出处源于《圣经.启示录》12章一节：“这时，天上出现一大异象：有一女子身披太阳，脚踩明月，头戴十二星辰的冠冕……“此女子通常被解读为圣母玛利亚。因此，“星冠”的构思，象征欧洲民族的完美统一。1986年，盟旗正式使用时，成员国恰好12个，数字的对应纯属偶然。欧洲联盟使用的这面“蓝天金星旗”，原本是欧洲理事会（c