��极度虚弱，封印有被突破的可能。为了村子的安全，日斩让水门夫妇前往远离村子的密室生产，为了尽可能保密，他让自己的妻子去帮玖辛奈接生。
尽管做好了万全的准备，意外还是发生了，九尾不但突破封印，甚至直接出现在了村子里。面对这前所未有的灭村危机，日斩下令让年轻一代的忍者全部去避难，不许接近九尾。村子被毁可以重建，但村子的未来必须保存下来，他令警务部队宇智波一族在后方保护村民，自己率领暗部和其他上忍与九尾战斗。
日斩通灵出了猿猴王猿魔，虽然从体型上来看，猿魔远不如蛤蟆文太这些大型通灵兽，但它的特别之处在于可以变化成一件武器——如意金箍棒。金箍棒伸长，一万三千多斤的分量，直接把九尾顶出了村子。
但日斩毕竟是年纪大了，很快体力不支，这时九尾蓄力了一枚尾兽玉，瞄准了村子。危急关头，波风水门终于击退了带土，赶回木叶，用飞雷神将九尾转移到了远方。等日斩赶往支援时，水门夫妇已经张开结界，使用了漩涡一族的天之锁，和禁术尸鬼封尽。日斩想要上前，也许是想代替前途无量的水门和九尾同归于尽，但他无法穿过结界，最终九尾的灵魂被分成两半，封印在了水门和他的孩子体内，水门夫妇也因此牺牲。
弥留之际，玖辛奈将孩子托付给了日斩：“孩子的名字叫鸣人。这是水门和我，根据自来也老师的小说起的名字。”日斩郑重的说：“鸣人吗，我一定会照顾好他，我保证。”
灾难过后，除了重建村子，首要任务就是填补火影的空缺。此时自来也正云游四方，纲手也已离开村子、逢赌必输，卡卡西那一代又年纪太轻，木叶处在青黄不接的境地。会议上，团藏正想趁机登上火影之位，日斩抢先开口：“我愿担此重任！到下任火影成长起来为止，只当我是个过渡。”这下团藏又炸了，当年二代选择继承人时就被日斩抢先，好不容易熬到他退位了，现在竟又重新上任，团藏对他已经从意见相左转变为敌视，甚至策划了一次刺杀行动，想要除掉他。
最后行动败露，团藏面临着“刺杀火影未遂”的死罪，日斩却网开一面：“这件事不予追究，希望你今后能为木叶尽心尽力。”团藏冷笑道：“你还是这么优柔寡断，你的天真总有一天会毁了你。”日斩则回答：“有光的地方必有黑暗，无论缺了哪一方世界都无法正常运转。”
虽然他说的很有哲理，但团藏后来似乎并没有做什么好事。相反，他勾结日斩的徒弟大蛇丸，从事禁忌的人体研究。后来大蛇丸的实验室暴露，日斩亲自带队抓捕，但面对曾经的爱徒，他不忍出手，一念之差又将大蛇丸放跑，而团藏的那句警告，若干年后真的在他们师徒间应验了。
木叶村渐渐恢复了安定，但对于水门夫妇的孩子漩涡鸣人，日斩陷入了两难。作为拯救村子的英雄遗孤，鸣人本该在村里人的尊敬与关怀中成长，但他同时又是九尾人柱力，如果被敌人知道身份，将时刻处在危险中。因此对他最好的照顾，或许是隐瞒他的身份，让他像普通人家的孩子一样成长，暗中给予他帮助和保护。日斩似乎是想这么做，但结果却很糟糕，那就是全村的人不知道鸣人是四代火影之子，却都知道他是九尾人柱力。无须隐瞒的隐瞒了，该隐瞒的却暴露了，村里人对九尾的憎恨和怒火全都集中在了鸣人身上，敌人的目光也全都锁定了他，甚至宇智波在打算叛变时都已经做好了抓鸣人的计划。
我觉得以三代火影的头脑，这只可能是剧情设计的问题了，故事最初已经确定了鸣人的人设，一个在备受排挤的环境中长大，努力想要获得大家认同的少年，连载中的漫画，后期剧情必须服从这一设定，所以不是三代火影没有能力照顾好鸣人，而是鸣人童年很惨这一设定使得他不得不背这个锅。