emsp; 后来忍界爆发了第三次大战，为了增强根组织的战时情报能力，团藏来到木叶村附近的孤儿院，强行召回了已经隐退的情报精英药师野乃宇，并在大蛇丸的建议下将年少的药师兜征入根组织。

  兜和野乃宇对根、对木叶做出了卓越贡献，但他们没有得到任何回报，团藏早已做好了“兔死狗烹”的计划，他们搜集的情报越多，就离死期越近。团藏这种“只要潜在威胁大于价值，就将其铲除”的做法，把原本善良的药师兜逼上木叶的对立面，造就了一大反派。

  在第三次忍界大战中，团藏还干了一件影响忍界命运的大事，他害死了雨之国晓组织的首领，弥彦。当时战争接近尾声，木叶最后的强敌是岩隐村，他们将中间的雨之国作为战场进行战斗。团藏则率领根假扮岩忍，在雨之国烧杀抢掠，想要激化双方的矛盾。在这个过程中，他发现这里有一股名为“晓”的势力正在崛起，其成员竟然拥有传说中的轮回眼，并且正打算和山椒鱼半藏结盟。

  在此前的第二次忍界大战中，雨隐村光是一个半藏就让木叶头疼不已，自来也、纲手、大蛇丸三人都无法取胜，如果再加上这个神秘的晓组织，雨隐必将对木叶构成巨大威胁，团藏决定搞破坏。

  他心生一计，将那些被根杀害的平民尸体呈到了半藏面前，污蔑晓组织是杀人凶手。团藏：“拨开晓冠冕堂皇的外衣，您会发现他们不过是一群企图颠覆村子的贼子！“

  半藏本就是个生性多疑的人，他的守卫二十四小时一换，连小孩靠近都要彻底搜身。此前他听说晓的创始人是他曾经的敌手自来也的徒弟时，便有一些不安，现在团藏的话，就像是印证了他的疑心，不需要多么精妙的谎言，便让半藏决定对付晓。

  最后在双藏大军的联手设伏下，弥彦陨落，初生的晓覆灭了。但团藏又没把事情做干净，长门靠着轮回眼的力量带着小南突围逃走了，结果他又给木叶竖了一个不共戴天的死敌。

  后来木叶与岩隐的战事陷入胶着，越来越多年轻忍者献出了生命，为了避免牺牲继续扩大，三代火影向岩隐村递去了和平协定。团藏对日斩的做法很不满胜负未分，怎能停战？他反过来指责他，让之前付出的牺牲白费。日斩无言以对，毕竟他是火影，要为战果负责，为了给这场“付出巨大牺牲却没打赢”的战争一个交代，他辞去了火影一职。

  这里团藏和日斩出现了政见不合，他看不惯村子内政外交上的妥协，一心想要变革。在推选下任火影的会议上，团藏想要推荐大蛇丸，大蛇丸虽然是日斩的徒弟，但他冷酷无情的做派和团藏是一致的。

  不过日斩以“大蛇丸得不到人心”为由，态度强硬的否决了，并力保在战时缕立奇功的“黄色闪光”波风水门为火影。面对团藏“水门太年轻”的质疑，日斩表示自己退位后会持续指导他。

  团藏被激怒了，你来指导新的火影？那木叶岂不要一直软弱下去。他和日斩的关系开始恶化，以至于后来九尾之乱发生，水门牺牲后，日斩重登火影之位，忍无可忍的团藏甚至策划了一次刺杀他的行动。然而面对团藏明目张胆的谋逆，日斩又一次原谅了他。他的原话是：“我的主义不允许我伤害更多人，这次事件不予追究。有光的地方必有黑暗，缺了哪一方世界都无法正常运转。”

  这两句话颇有深意的话，就像是在暗示团藏：我的主义必须是仁慈的，正如这次放过你，而你可以成为我的另一面，放手去做我没有做的事。团藏听懂了，他说：“你是光，我是暗，一直如此。”这次刺杀，反而让他们二人重归于好，甚至是心照不宣，而接下来这对搭档面对的，就是最棘手的宇智波的问题了。

  其实宇智波之所�