于衷，还对大蛇丸的迟到表示不满。当佐井表示他会与比佐助更加好地和鸣人合作时，佐助用写轮眼震慑了佐井。此后佐井试图帮助鸣人和小樱，将佐助带回木叶村。佐助对众人的劝说毫不理会，表示只要能杀死鼬，就算大蛇丸夺走他的身体也在所不惜，然后就开始攻击新成立的第七班。

  几轮交手之后，佐助进入了鸣人的意识，发现了九尾的秘密。九尾妖狐对佐助的出现很吃惊，他说佐助的写轮眼和查克拉比他自己的还要邪恶，并说以前见过类似的宇智波斑。佐助对九尾所说的事情并不感兴趣，并开始压制九尾的查克拉。九尾退却时威胁佐助不要杀死鸣人，否则定会后悔。回到现实世界后，佐助准备使用绝招将众人一举歼灭，这时大蛇丸和兜出现了。兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱晓的力量，便于他对鼬的复仇。于是佐助一行三人便消失了。

  大蛇丸之死篇

  佐助出现在1000个被他打倒的忍者中间，他身上干干净净，一点血也没有被溅到，而且每一个忍者都没有给予致命一击。大蛇丸说即使是被称为天才的他在当年也没有如此实力。这时候的佐助觉得自己已经没有什么可以从大蛇丸那里学到的了，就在大蛇丸躺在床上养病的时候突然对他发起攻击，用千鸟锐枪攻击大蛇丸。而早有准备的大蛇丸则现出真身“白鳞大蛇”，要夺取佐助的身体。两人在精神空间里进行战斗。在佐助的写轮眼下，大蛇丸遭到了和当年对战鼬时相同的惨败他的精神世界完全被佐助吞并了。

  在摆脱大蛇丸的控制以后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。他同水月商量要组织一个新的小队，并说早有了人选。两人来到南秘所，说服了有特殊能力的管理员香磷入伙，然后释放了所有的囚徒。接着佐助一行人来到北秘所，准备释放重吾。此人是咒印的源头，拥有双重性格，平时很和善，但当咒印爆发时就抑制不住杀人的冲动。佐助、水月和香磷来到关押重吾的北秘所，并找到了他。正处于杀人冲动中的重吾与水月打了起来，但很快被佐助用大蛇缠住。重吾在佐助的杀气下恢复了正常，重新躲进牢房，害怕自己再次出去杀人。佐助对此表示会当重吾的牢笼，阻止他的杀人冲动。之后佐助又说君麻吕已为他而死，此刻重吾终于知道眼前这人就是君麻吕不惜生命都要将他带回大蛇丸身边的宇智波佐助。为了要见识一下佐助到底有什么能耐可以让君麻吕不惜牺牲来换取他，重吾决定加入他们。佐助的四人小队正式组成，取名为“蛇”，佐助的最大目的是要杀死鼬，而这世界都将因“蛇”的出现而发生变化。

  大战迪达拉篇

  佐助与“晓”的阿飞、迪达拉相遇，迪达拉与佐助开战。战斗过程中佐助利用自己的雷属性有效地克制了迪达拉的土遁炸弹，甚至破解了迪达拉原本用来杀鼬的必杀技——c4迦楼罗。最终迪达拉败下阵来，在穷途末路之际迪达拉选择同归于尽，为了证明自己的艺术

  以及不惜一切也要杀死佐助的决心让他发动了终极艺术自行爆炸，可惜佐助熟练地运用了写轮眼，进入万蛇体内用空间忍术跃入其他空间，成功离开爆炸之地，得以保命，而迪达拉则在爆炸中身亡…

  兄弟之战篇

  在另一边，木叶村收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务。“蛇”赶到“晓”的根据地，而佐助更遇到鼬，鼬指示佐助前往宇智波一族的故地，来个了断。

  两兄弟决战，初时佐助似乎占了上风，从鼬背后向其插了一刀，但是这却又是鼬的分身，佐助立刻向身后的另一个鼬使用千鸟锐枪进行攻击。后从绝口中才得知，双方似乎是在战斗，但其实只不过是幻术上的攻防战，实体一直未有动身。佐助从鼬口中得知宇智波一族创始人——宇智波斑仍存在的事