领主们和三好家会拼死抵抗，即使很自信乐观的预计也要耗时近半年才能攻略京畿诸国，尤其是三好家这个最难啃的骨头。

  就当织田信长滞留在芥川城之时，各方使者也陆续送上珍物，像今井宗久献上名物松嶋茶壶跟绍鸥茄子，其中还有源义经在一之谷穿过的甲胄。摄津国的高槻城主入江春景、茨木城主茨木重朝也相继投降，伊丹城主伊丹亲兴在足利义昭仍滞留越前国时，就与足利义昭有所往来，因此在织田信长跟足利义昭进军摄津时便立即表态归降。而三好三人众所拥立的征夷大将军足利义荣在撤退途中患病身亡后，篠原长房便奉三好长治与细川真之渡海退往阿波国。

  在织田信长跟足利义昭战胜三好三人众之后，足利义昭在芥川城阵中对近畿的领地进行重新分配。原先足利义昭希望由织田信长来统领畿内五国，但是织田信长只愿意领受和泉国的堺町与近江国的大津、草津。因此，由畠山高政领有高屋城、三好义继领有若江城各掌河内国各半，大和国跟和泉国的志贵城则依然交由松永久秀，摄津国则一分为三，由和田惟政担任芥川城主跟伊丹城主伊丹亲兴、池田城主池田胜正并为摄津三守护，伊丹亲兴的三万石领地、池田胜正的两万石领地都获得了安堵文书，细川藤孝则领有胜龙寺城。

  足利义昭在十二月二十日正式获得了朝廷的将军宣下，晋任为征夷大将军。得知此事的织田信长立即送上诸多厚礼，同时在细川官邸内為足利义昭举办就任典礼。感激不已的足利义昭随即回赐给织田信长太刀、酒杯等物品。

  同时，织田信长为了减轻松永久秀的压力，好让他顺利平定大和一国，便派遣重臣佐久间信盛等人率军一万八千余出兵协助松永久秀。足利义昭看在织田信长的面子上也派遣了幕臣细川藤孝、和田惟政等人率领五千余军势支援松永久秀重新攻入东大和。随后，织田·足利联军以电光火石之势迅速攻陷了筒井城、丰田城、平城等地，就连郡山城也投降松永久秀，大和一国几乎成了松永久秀的天下。而兵败如山倒的筒井顺庆就只好前去投奔深山里的豪族秋山直国。

  就在足利义昭顺利继任征夷大将军之后，担任关白一职的近卫前久，被视为是“逆贼”的同党，再加上前任关白二条晴良对其落井下石，结果义昭奏请朝廷，将前久罢免和逐出京都，随后由亲织田家·足利义昭的二条晴良继任了关白一职，朝廷中大部分的公卿朝臣都纷纷表示让足利义荣能够顺利得到将军宣下的都是近卫前久的阴谋，朝廷和皇室是受到蒙蔽后才做出了错误的判断，上下百官也都是被胁迫的，并不是出自本意。

  近卫前久被解除关白一职后，在丹波国豪族赤井直正的帮助下，从京都前往黑井城的下馆居住，此后在第十一世本愿寺显如的帮助下移居摄津国的石山本愿寺。此时认显如的长子教如为自己的养子。